Maestría en Genética Humana
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Examinando Maestría en Genética Humana por Director "Fonseca-Mendoza, Dora Janeth"
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- ÍtemAcceso AbiertoAnálisis del gen adra2a receptor alfa 2a adrenergico en pacientes con trastorno de hiperactividad y déficit de atención(2014-12-12) Castro Cuesta, Taryn; Mateus Arbelaez, Heidi Eliana; Fonseca Mendoza, Dora JanethEl trastorno de hiperactividad y déficit de atención (THDA), es definido clínicamente como una alteración en el comportamiento, caracterizada por inatención, hiperactividad e impulsividad. Estos aspectos son clasificados en tres subtipos, que son: Inatento, hiperactivo impulsivo y mixto. Clínicamente se describe un espectro amplio que incluye desordenes académicos, trastornos de aprendizaje, déficit cognitivo, trastornos de conducta, personalidad antisocial, pobres relaciones interpersonales y aumento de la ansiedad, que pueden continuar hasta la adultez. A nivel global se ha estimado una prevalencia entre el 1% y el 22%, con amplias variaciones, dadas por la edad, procedencia y características sociales. En Colombia, se han realizado estudios en Bogotá y Antioquia, que han permitido establecer una prevalencia del 5% y 15%, respectivamente. La causa específica no ha sido totalmente esclarecida, sin embargo se ha calculado una heredabilidad cercana al 80% en algunas poblaciones, demostrando el papel fundamental de la genética en la etiología de la enfermedad. Los factores genéticos involucrados se relacionan con cambios neuroquímicos de los sistemas dopaminérgicos, serotoninérgicos y noradrenérgicos, particularmente en los sistemas frontales subcorticales, corteza cerebral prefrontal, en las regiones ventral, medial, dorsolateral y la porción anterior del cíngulo. Basados en los datos de estudios previos que sugieren una herencia poligénica multifactorial, se han realizado esfuerzos continuos en la búsqueda de genes candidatos, a través de diferentes estrategias. Particularmente los receptores Alfa 2 adrenérgicos, se encuentran en la corteza cerebral, cumpliendo funciones de asociación, memoria y es el sitio de acción de fármacos utilizados comúnmente en el tratamiento de este trastorno, siendo esta la principal evidencia de la asociación de este receptor con el desarrollo del THDA. Hasta la fecha se han descrito más de 80 polimorfismos en el gen (ADRA2A), algunos de los cuales se han asociado con la entidad. Sin embargo, los resultados son controversiales y varían según la metodología diagnóstica empleada y la población estudiada, antecedentes y comorbilidades. Este trabajo pretende establecer si las variaciones en la secuencia codificante del gen ADRA2A, podrían relacionarse con el fenotipo del Trastorno de Hiperactividad y el Déficit de Atención.
- ÍtemAcceso AbiertoAnálisis transcriptómico global del silenciamiento de FUCA1 en queratinocitos revela nuevos hallazgos sobre la patogenesis de las lesiones cutáneas de la fucosidosis(2018-05-25) Valero Rubio, Danyela; Laissue, Paul; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa fucosidosis es una enfermedad huérfana de depósito lisosomal clasificada en dos subtipos según la gravedad de los signos y síntomas clínicos. Las anormalidades en la piel de los pacientes con fucosidosis incluyen angioqueratoma corporis difuso, telangiectasia esencial generalizada, hiperhidrosis e hipohidrosis, acrocianosis y bandas transversales en las uñas. Se ha descrito que >50% de los pacientes con fucosidosis presentan angioqueratomas. A nivel molecular, la fucosidosis es causada por mutaciones del gen alfa-L-fucosidasa 1 (FUCA1) el cual codifica para la enzima α-L-fucosidasa responsable de la hidrolisis de la fucosa. Obtener muestras para realizar estudios funcionales ha sido un reto por la dificultad de encontrar individuos afectados. El efecto de la disminución de FUCA1 en la expresión de otros genes es desconocido. El objetivo del presente trabajo de tesis fue analizar, en queratinocitos, el efecto transcriptómico global del silenciamiento del gen FUCA1 en el marco de una mejor comprensión de la patogénesis de las lesiones cutáneas que afectan a los pacientes con fucosidosis. El silenciamiento de FUCA1, utilizando siRNA, se realizó en queratinocitos inmortalizados humanos (HaCaT). Para el análisis de la expresión genética a nivel transcriptómico global se usaron microarreglos de la plataforma de Affymetrix y ensayos de qPCR. Por medio de análisis bioinformáticos se realizó la agrupación funcional de los genes modificados luego del silenciamiento de FUCA1. 387 genes mostraron una expresión diferencial entre células silenciadas y las no silenciadas. 222 de estos genes se encontraron sobreexpresados y 165 regulados negativamente. Los genes diferencialmente expresados pertenecían a dos grupos principales: diferenciación de queratinocitos / desarrollo epidérmico (n=17) y respuesta inmune (n=61). Numerosos genes se encontraron diferencialmente expresados entre las células transfectadas con siRNA-FUCA1 y las células control. Este efecto podría haber sido producido, al menos en parte, por la expresión anormal de factores de transcripción como por ejemplo, FOXN1. Por lo tanto, proponemos que las lesiones cutáneas relacionadas con la fucosidosis (e.g. angioqueratoma) y las de otras enfermedades (e.g. psoriasis) pueden ser causadas por disfunciones en cascadas moleculares comunes superpuestas. Por último, es importante señalar que numerosas publicaciones de nuestro grupo fundamentan y complementan los abordajes teóricos y experimentales citados en el trabajo presentado “Análisis transcriptómico global del silenciamiento de FUCA1 en queratinocitos revela nuevos hallazgos sobre la patogénesis de las lesiones cutáneas de la fucosidosis” (Castro et al., 2013; Ducat et al., 2016; Fonseca et al., 2015; Forero et al., 2016; Laissue, 2015, 2018; Laissue et al., 2016; Laissue, Restrepo, & Ortiz, 2017; Mateus et al., 2017; Mitropoulos et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Beltrán, et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Moreno, et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Silgado, Fetiva, Fonseca, & Laissue, 2016; Oscar Ortega-Recalde et al., 2013; Liliana C. Patiño et al., 2017, p. 1, 2017, p. 15; Liliana Catherine Patiño, Beau, et al., 2017; Liliana Catherine Patiño, Silgado, & Laissue, 2017; Prada & Laissue, 2014; Quintero-Ronderos et al., 2017; Valero-Rubio, Jiménez, Fonseca, Payán-Gomez, & Laissue, 2018; Vatin et al., 2014)
- ÍtemAcceso AbiertoAproximación genómica de pacientes colombianos afectados por Síndrome de Stevens Johnson y necrolisis epidérmica toxica mediante el Análisis del Gen Gnly(2018-01-15) Londoño Ramírez, Olga Patricia; Fonseca Mendoza, Dora JanethLas reacciones adversas a medicamentos (RAM) que generan fenotipos cutáneos severos son respuestas nocivas de baja incidencia pero con alta tasa de mortalidad. Se considera que más del 35 % de individuos formulados presentaran una RAM, pero el reporte en el sistema de salud será inferior al 10 %, debido a un inadecuado método de notificación y pocos programas de farmacovigilancia efectivos (Ralph E et al, 2000; Thong B et al, 2003). Las RAM más comunes son las reacciones de tipo A y las de tipo B; las reacciones de tipo A se definen con aquellas predecibles y dependientes de la administración y dosificación de un fármaco. Las reacciones de tipo B que son llamadas impredecibles, se encuentran relacionadas con la respuesta a un agente alérgeno capaz de desencadenar una reacción de hipersensibilidad tipo IV con un riesgo importante de mortalidad dado su compromiso multisistémico (Stephens MDB, 1998; Thong B et al, 2003). En el 2008 Chung, et al proponen a la granulisina, como una proteína citotóxica específica en la inducción de la apoptosis en los queratinocitos en las RAM cutáneas severas Stevens Johnson (SJS) y Necrólisis Epidérmica Tóxica (NET). En el presente trabajo se realizó la aproximación genómica de SJS/NET mediante el análisis de la región codificante y promotora del gen GNLY. A través de análisis bioinformáticos se identificaron sitios de fijación de factores de transcripción sobre el promotor del gen
- ÍtemAcceso AbiertoBúsqueda de mutaciones en el gen foxo4 en pacientes con falla ovárica prematura no-sindrómica(2015-07-31) Garzón Venegas, Eliana del Pilar; Fonseca Mendoza, Dora JanethFOXO4 constitutes a coherent candidate gene associated with premature ovarian failure (POF) pathogenesis. This study sequenced the coding and exon-flanking regions of this gene in a panel of 116 POF patients and 143 controls of Tunisian origin. In both groups, the IVS2 + 41T > G sequence variant was identified. It is concluded that coding mutations of FOXO4 should not be a common cause of the disease in women from the Tunisian population. However, this study cannot exclude that FOXO4 dysfunctions, originated from open reading frame or promoter sequence variations, might be associated with the pathogenesis of the disease in other ethnical groups.
- ÍtemAcceso AbiertoEstudio molecular en dos hermanas afectadas por ictiosis congénita autosómica recesiva : descripción de una nueva mutación causal en TGM1(2016-11-16) Moreno Saboya, Meyid Bernardo; Laissue, Paul; Fonseca Mendoza, Dora JanethSe describe la variante homocigota c.320-2A>G de TGM1 en dos hermanas con ictiosis congénita autosómica recesiva. El clonaje de los transcritos generados por esta variante permitió identificar tres mecanismos moleculares de splicing alternativos.
- ÍtemAcceso AbiertoIdentificación de interacciones proteicas de ADAMTS19 en un contexto ovárico(2017-03-03) Festiva Mora, María Camila; Laissue, Paul; Fonseca Mendoza, Dora JanethLas proteínas ADAMTS (desintegrinas y metaloproteinasas con motivos trombospondina) han sido asociadas a diversos procesos biológicos entre ellos el desarrollo folicular y la ovulación. Algunos miembros son considerados proteínas huérfanas debido a que no se han descrito sus sustratos específicos (e.g. ADAMTS19). Específicamente ADAMTS19 ha sido sugerido recientemente como un gen candidato de FOP. En el presente trabajo se realizó un tamizaje de las potenciales proteínas de interacción (partners) de ADAMTS19 mediante el sistema de doble híbrido en levaduras. Se realizó coinmunoprecipitación en células transfectadas y en líquido folicular humano para verificar la interacción directa entre ADAMTS19 y COL6A2. Ensayos de RT-PCR efectuados para evaluar la coexpresión de Adamts19 y Col6a2 en ovarios de ratón. Adicionalmente, la técnica de inmunoflurescencia indirecta usó para evaluar la colocalización de las proteínas. Se encontró que ADAMTS19 se une directamente a COL6A2 en un contexto ovárico lo que se correlaciona con los hallazgos de coexpresión y de colocalización en líquido folicular humano. Proponemos que ADAMTS19 actúa sobre las microfibras de COL6A2 durante el crecimiento folicular y la expansión de la lámina basal. Encontramos que la mutación p.Thr943Ile ADAMTS19 identificada previamente en una paciente con FOP no alteraba la interacción ADAMTS19/COL6A2. Sin embargo, no descartamos que la mutación contribuya al fenotipo de FOP. Los resultados de este trabajo, que describen la primera proteína de interacción directa de ADAMTS19, arrojan nuevos datos sobre la función de las metaloproteinasas en la biología del ovario y la fertilidad.
- ÍtemAcceso AbiertoIdentificación de interacciones proteicas de BMPR2 en un contexto ovárico y estudio de la potencial implicación de BMPR2 p.ser987phe en la etiología de la insuficiencia ovárica primaria(2019-11-28) Suárez, Yohjana Carolina; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa insuficiencia ovárica primaria (IOP) se caracteriza por la pérdida de la función ovárica antes de los 40 años y es una de las principales causas de infertilidad en la mujer. La prevalencia de la IOP es cercana al 1% y se ha relacionado etiológicamente con eventos iatrogénicos, agentes infecciosos, condiciones autoinmunes, desórdenes metabólicos y causas ambientales. Sin embargo, la mayoría de los casos son idiopáticos. Se ha sugerido un origen genético y epigenético de la enfermedad. Hasta la fecha, se ha identificado un número limitado de mutaciones que han sido validadas por ensayos funcionales. En el grupo investigación de la Universidad del Rosario, CIGGUR, Fonseca et al., realizaron un estudio utilizando secuenciación de siguiente generación (NGS), en 12 pacientes afectadas por IOP, identificando la mutación c.2960C>T (p. Ser987Phe) en el gen BMPR2. En el contexto del ovario, BMPR2 se expresa en células de la granulosa, se une a ligandos como BMP15 Y GDF9 y participa en la vía de señalización de BMP/SMAD. Se ha sugerido una relación funcional entre esta mutación y la etiología de la IOP. En el presente trabajo de tesis se buscaron las potenciales proteínas de interacción con BMPR2, mediante un ensayo de doble híbrido en levaduras (Y2H), utilizando una librería de ovario de ratón. Se identificaron cuatro proteínas con una alta probabilidad de interacción: Limk1, Ctnnd1, Fasn y Fn1. Posteriormente, para la validación de los resultados se efectuó un ensayo de doble hibrido en células CHO, entre las versiones de BMPR2 wild type/mutante y las secuencias de LIMK1 y p120. Este ensayo permitió identificar que existe una potencial interacción entre los segmentos proteicos de LIMK1 y BMPR2 wild type en un contexto ovárico. Sin embargo, no se evidenció una perturbación en la interacción proteica entre BMPR2 mutante y LIMK1. Respecto a p120, no se logró replicar los hallazgos obtenidos en Y2H para su interacción proteica con BMPR2. Estos resultados no excluyen las posibles interacciones de BMPR2 con LIMK1 y p120. Se recomienda considerar otras técnicas de validación de interacción proteína-proteína (e.g. co-inmunoprecipitación) y evaluar los posibles efectos sobre las vías de señalización asociadas a BMPR2.
- ÍtemAcceso AbiertoIdentificación de variantes genéticas de STOX1 en mujeres colombianas con preeclampsia severa y Síndrome Hellp(2020-08-10) Parada Niño, Laura Catalina; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa preeclampsia (PE) es un problema de salud pública donde el diagnóstico temprano es vital. Dada la potencial implicación de STOX1 en fisiopatología de PE, este trabajo analizó ORF describiendo variantes genéticas en una muestra de mujeres colombianas con preeclampsia severa y síndrome HELLP
- ÍtemAcceso AbiertoIdentificación y caracterización de las mutaciones en el gen GAA en pacientes colombianos afectados por la enfermedad de Pompe(2013-02-20) Niño Martínez, Monica Yasmin; Mateus Arbelaez, Heidi Eliana; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa Enfermedad de Pompe (EP) es un desorden metabólico caracterizado por la deficiencia de alfa-glucosidasa acida (GAA), una enzima que cataliza la hidrolisis de las uniones glucosidicas α-1.4 y α-1,6 de glucógeno. Esta deficiencia resulta en acumulación de glucógeno en todos los tejidos, especialmente en musculo esquelético. Los pacientes con EP muestran un gran espectro de fenotipos con respecto a la edad de inicio, progresión de la enfermedad, severidad y tasa de progresión a muerte. El curso clínico de la enfermedad es principalmente determinado por la naturaleza de las variaciones genéticas de GAA quellevan a diferentes grados de deficiencia enzimática. Hasta la fecha alrededor de 400 distintas variaciones en la secuencia de GAA han sido descritas, y en algunos casos la correlación genotipo-fenotipo no es claramente evidente. En este estudio se describe el primer análisis genético y clínico de pacientes colombianos con EP en 13 individuos afectados. La secuenciación directa del gen GAA, revelo ocho distintas mutaciones relacionadas con la etiología de EP incluyendo dos nuevas mutaciones missense c.1106T>C (p.Leu369Pro) y c.2236T >C (p. Trp746Arg). Estudios funcionales in vitro mostraron que los cambios estructurales conferidos por ambas mutaciones no inhiben la síntesis del precursor de GAA de 110 KD pero afectan el procesamiento y el transporte intra-celular de la proteína.
- ÍtemAcceso AbiertoSecuenciación de siguiente generación en mujeres afectadas por falla ovárica prematura no sindrómica para la identificación de nuevos genes etiológicos de la enfermedad y estudio funcional de la mutación p.thr943ile en adamts19(2016-02-24) Rodríguez Villanueva, Asid De Jesus; Laissue, Paul; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa infertilidad afecta en la actualidad a aproximadamente 1 de cada 7 parejas a nivel mundial. La falla ovárica prematura (FOP) es una condición común en la población femenina, afectando al 1% de mujeres menores de 40 años. La etiología de la FOP es idiopática entre el 50% y el 80% de los casos, lo que sugiere causas genéticas, epigenéticas y ambientales aún desconocidas. A pesar de los avances en las técnicas de cartografía genética y de sistematización de la técnica de Sanger, pocos genes etiológicos de FOP fueron identificados en los últimos 20 años. Este fracaso relativo se asoció principalmente a que cientos de genes, que abarcan grandes regiones del genoma, son candidatos pero la técnica de secuenciación directa sólo permite el análisis de unas 700bp en cada reacción. En el presente trabajo se empleó la secuenciación de siguiente generación (NGS) para la búsqueda de mutaciones en 70 genes candidatos que potencialmente contribuyen con el desarrollo de la patología. Se identificaron mutaciones en 3 de 12 pacientes. La paciente POF-7 presentaba una mutación no sinónima en el gen ADAMTS19 (c.2828C>T, p.Thr943Ile). La proteína ADAMTS19 se clasifica dentro de la familia ADAMTS como huérfana ya que no se ha identificado su sustrato. Mediante el sistema de doble hibrido en levaduras se buscó identificar las potenciales proteínas que interactúan con ADAMTS19. Permitió identificar, a partir de las versiones murinas, la interacción de Adamts19 y Col6a2. Para comprobar la interacción entre las proteínas ADAMTS19 y COL6A2 humanas se empleó el sistema de doble hibrido en células eucariotas. Los hallazgos no permitieron replicar los resultados obtenidos previamente. En síntesis de identificó una mutación potencialmente causal de FOP en un gen nuevo y una muy probable interacción entre ADAMTS19 y COL6A2.
- ÍtemAcceso AbiertoTamizaje neonatal para fibrosis quística en una muestra de la ciudad de Bogotá(2011-12-15) Amado González, Paula; Mateus Arbelaez, Heidi Eliana; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa Fibrosis Quística es la enfermedad autosómica recesiva mas frecuente en caucásicos. En Colombia no se conoce la incidencia de la enfermedad, pero investigaciones del grupo de la Universidad del Rosario indican que podría ser relativamente alta. Objetivo: Determinar la incidencia de afectados por Fibrosis Quística en una muestra de recién nacidos de la ciudad de Bogotá. Metodología: Se analizan 8.297 muestras de sangre de cordón umbilical y se comparan tres protocolos de tamizaje neonatal: TIR/TIR, TIR/DNA y TIR/DNA/TIR. Resultados: El presente trabajo muestra una incidencia de 1 en 8.297 afectados en la muestra analizada. Conclusiones: Dada la relativamente alta incidencia demostrada en Bogotá, se justifica la implementación de Tamizaje Neonatal para Fibrosis Quística en Colombia.
- ÍtemAcceso AbiertoLa variante c.-9C>G del promotor de BMP15 está asociadad a la etiología de la falla ovárica prematura no-sindrómica(2015-11) Ortiz Vanega, Angela María; Laissue, Paul; Fonseca Mendoza, Dora JanethLa falla ovárica prematura es una enfermedad común que conduce a la infertilidad femenina y cuya etiología no es identificable en más del 50% de los casos, lo cual sugiere un origen genético en la patogénesis de esta enfermedad. La función crucial del gen BMP15 en la biología de la reproducción fue propuesta cuando modelos KO de ratón y mutaciones naturales en ovejas revelaron fenotipos ováricos específicos. Aunque la secuenciación de la región codificante de BMP15 en grandes paneles de pacientes afectadas con Falla Ovárica Prematura (FOP) ha identificado algunas mutaciones, estas variaciones explican una baja proporción de casos. Nosotros hipotetizamos que una variante en la secuencia reguladora (promotor BMP15) podrían estar asociada a la etiología de la FOP no-sindrómica. Con la evidencia de los estudios previos que sugirieron la potencial implicación de la variante de secuencia c.-9C>G del promotor de BMP15 en los fenotipos reproductivos incluyendo FOP, evaluamos si este polimorfismo podría modificar las propiedades de transactivación de un factor de transcripción específico. Empleamos aproximaciones in-silico para predecir potenciales sitios de unión a factores de transcripción (TFBS: Transcription Factor Binding Sites) en la región 5´ de BMP15. El ensayo reportero de luciferasa se usó para determinar la modificación de la transacativación del promotor de BMP15 causada por la variante de c-9C>G. Se demostró que aunque los dos constructos del promotor de BMP15 (BMP15- prom-G and BMP15-prom-C) fueron transactivados por el factor de transcripción PITX1, el constructo BMP15- prom-G aumentó 1.6 veces la actividad transcripcional del factor de transcripción de una manera estadísticamente significativa. Por otro lado, se demostró por primera vez que BMP15 y PITX1 son co-expresados en tejido ovárico de humano y de ratón.