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Acceso Abierto
Molecular type distribution and fluconazole susceptibility of clinical Cryptococcus gattii isolates from South African laboratory-based surveillance, 2005–2013
Título de la revista
Autores
Naicker, Serisha
Firacative Ropero, Sandra Carolina
van Schalkwyk, Erika
Maphanga, Tsidiso G.
Monroy-Nieto, Juan
Bowers, Jolene R.
Engelthaler, David M.
Meyer, Wieland
Govender, Nelesh P.
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Fecha
2022
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Resumen
Como es el caso a nivel mundial, Cryptococcus gattii es una causa menos frecuente de criptococosis que Cryptococcus neoformans en Sudáfrica. Realizamos tipificación de secuencias multilocus (MLST) y pruebas de susceptibilidad a fluconazol de 146 aislamientos seleccionados al azar de 750 Pacientes sudafricanos con enfermedad por C. gattii identificados mediante vigilancia de laboratorio mejorada, de 2005 a 2013. El tipo molecular dominante fue VGIV (101/146, 70 %), seguido de VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) y VGIII (2/146, 1%). Entre los 146 aislamientos de C. gattii, se identificaron 99 tipos de secuencia (ST) diferentes, con ST294 (14/146, 10 %) y ST155 (10/146, 7%) siendo el más comúnmente observado. Los valores de CIM50 y CIM90 de fluconazol de 105 (de 146) aislados de C. gattii seleccionados al azar fueron de 4 μg/ml y 16 μg/ml, respectivamente. Los aislamientos VGIV tenían un valor MIC50 más bajo en comparación con los aislamientos no VGIV, pero estos los valores estaban dentro de una dilución doble uno del otro. Los pacientes seropositivos para el VIH tenían una probabilidad ajustada diez veces mayor de una infección por VGIV en comparación con los pacientes seronegativos para el VIH. aunque con números pequeños (99/136; 73% vs. 2/10; 20%), el intervalo de confianza (IC) fue ancho (IC 95%: 1,93-55,31, p = 0,006). La filogenia del genoma completo de 98 aislamientos del tipo molecular más prevalente de Sudáfrica, VGIV, identificó que este tipo molecular es altamente diversos, con dos grupos interesantes de diez y seis aislamientos estrechamente relacionados identificados respectivamente. Uno de estos grupos consistía únicamente en pacientes de la provincia de Mpumalanga en Sudáfrica, lo que sugiere una fuente ambiental similar. Este estudio aportó nuevos conocimientos sobre la estructura de la población mundial de este importante patógeno humano.
Abstract
As is the case globally, Cryptococcus gattii is a less frequent cause of cryptococcosis than Cryptococcus neoformans in South Africa. We performed multilocus sequence typing (MLST) and fluconazole susceptibility testing of 146 isolates randomly selected from 750 South African patients with C. gattii disease identified through enhanced laboratory surveil lance, 2005 to 2013. The dominant molecular type was VGIV (101/146, 70%), followed by VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) and VGIII (2/146, 1%). Among the 146 C. gattii iso lates, 99 different sequence types (STs) were identified, with ST294 (14/146, 10%) and ST155 (10/146, 7%) being most commonly observed. The fluconazole MIC50 and MIC90 val ues of 105 (of 146) randomly selected C. gattii isolates were 4 μg/ml and 16 μg/ml, respec tively. VGIV isolates had a lower MIC50 value compared to non-VGIV isolates, but these values were within one double-dilution of each other. HIV-seropositive patients had a ten fold increased adjusted odds of a VGIV infection compared to HIV-seronegative patients, though with small numbers (99/136; 73% vs. 2/10; 20%), the confidence interval (CI) was wide (95% CI: 1.93–55.31, p = 0.006). Whole genome phylogeny of 98 isolates of South Afri ca’s most prevalent molecular type, VGIV, identified that this molecular type is highly diverse, with two interesting clusters of ten and six closely related isolates being identified respectively. One of these clusters consisted only of patients from the Mpumalanga Prov ince in South Africa, suggesting a similar environmental source. This study contributed new insights into the global population structure of this important human pathogen.
Palabras clave
Pueblo africano , criptococosis , Criptococo , Cryptococcus gattii , Cryptococcus neoformans , Vigilancia de enfermedades infecciosas , Polimorfismos de un sólo nucleótido
Keywords
African people , Cryptococcus , Cryptococcosis , Cryptococcus gattii , Cryptococcus neoformans , Infectious disease surveillance , Single nucleotide polymorphisms
