Ítem
Acceso Abierto
Impacto de la tecnología de secuencia de nueva generación (NGS) sobre el análisis genético de casos complejos en identificación de personas desaparecidas en el conflicto armado colombiano
Título de la revista
Autores
Forero Torres, Vilma Constanza
Archivos
Fecha
2019-05-31
Directores
Restrepo Fernández, Carlos Martín
ISSN de la revista
Título del volumen
Editor
Universidad del Rosario
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Resumen
En Colombia, como consecuencia directa de un conflicto armado de más de 60 años, se estima que hay más de 100.000 desaparecidos, de los cuales 83.000 pueden asociarse a desapariciones forzadas. Dentro del proceso de reparación a las víctimas y en consecuencia con los acuerdos de paz con las FARC-EP alcanzados en La Habana en 2016, sus cuerpos, una vez recuperados deben identificarse y entregarse dignamente a sus familiares. Para este fin el Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses (INMLCF), como miembro del Sistema Nacional de Atención y Reparación a las víctimas, ha construido un modelo de trabajo forense interdisciplinario para la identificación de cuerpos en condición de no identificados (CNI) en el cual, los análisis genéticos hacen parte fundamental de este modelo. Por lo anterior, y teniendo en cuenta la antigüedad del conflicto, los laboratorios de genética forense deben desarrollar estrategias para enfrentar dos problemas evidentes durante el análisis de estos casos, el primero obtener perfiles genéticos satisfactorios a partir de muestras óseas altamente degradadas y de concentraciones mínimas de ADN y el segundo, realizar cotejos genéticos con familiares de referencia poco informativos, toda vez que, en un lapso tan prolongado, los padres y relativos cercanos han fallecido en muchos de los casos. Ante este escenario, hemos puesto a consideración como una opción para los casos de identificación en Colombia, la tecnología de secuencia masiva del genoma NGS/MPS, mediante El kit ForensSeq de la firma Illumina, y el equipo MiSeq FGx, , dado que este tipo de plataformas permiten el análisis de un gran número de loci genómicos (más de 200 loci), compensando el problema de familiares deficitarios y adicionalmente incluye polimorfismos de nucleótido simple o SNP (single nucleotide polimorphisms) lo cual, aumenta la probabilidad de éxito en las muestras degradadas y/o escasas, por su pequeño tamaño de amplicón (60-200 pb). En la presente investigación hemos realizado la validación interna del ensayo NGS, ajustada a los laboratorios del INMLCF, bajo parámetros internacionales de calidad (SWGDAM, 2019) para definir bajo qué condiciones y hasta que límites, pueden obtenerse perfiles genéticos reproducibles e informativos, a partir de muestras óseas complejas. Adicionalmente, se presentan los análisis genético-poblacionales, para 89 marcadores tipo SNPs, (kit Forenseq de Illumina), en 3 regiones etno-geográficas colombianas (Andina-Central, Pacifica y Orinoquia) de gran impacto en el conflicto armado, por la gran cantidad de víctimas que se generaron allí.
Abstract
In Colombia, as a direct consequence of an armed conflict of more than 60 years, it is estimated that there are more than 100,000 disappeared, of which 83,000 may be associated with enforced disappearances. As part of the reparation process for the victims and, consequently, with the peace agreements with the FARC-EP reached in Havana in 2016, their bodies, once recovered, must be identified and given with dignity to their families. To this end, the National Institute of Legal Medicine and Forensic Sciences (INMLCF), as a member of the National System of Attention and Reparation for Victims, has built a model of interdisciplinary forensic work for the identification of bodies in unidentified condition (CNI ) in which genetic analyzes are a fundamental part of this model. Therefore, and taking into account the antiquity of the conflict, forensic genetics laboratories must develop strategies to face two obvious problems during the analysis of these cases, the first to obtain satisfactory genetic profiles from highly degraded bone samples and minimum concentrations. of DNA and the second, to carry out genetic checks with non-informative relatives of reference, since, in such a prolonged period, parents and close relatives have died in many of the cases. Given this scenario, we have considered as an option for cases of identification in Colombia, the NGS / MPS genome massive sequence technology, through the Illumina ForensSeq kit, and the MiSeq FGx team, given that this type of platforms allow the analysis of a large number of genomic loci (more than 200 loci), compensating for the problem of deficit relatives and additionally includes single nucleotide polymorphisms or SNP (single nucleotide polymorphisms) which increases the probability of success in the samples degraded and / or scarce, due to its small size of amplicon (60-200 bp). In the present investigation we have carried out the internal validation of the NGS test, adjusted to the INMLCF laboratories, under international quality parameters (SWGDAM, 2019) to define under what conditions and up to what limits, genetic profiles can be obtained reproducible and informative, from complex bone samples. Additionally, the genetic-population analyzes are presented, for 89 SNP-type markers, (Illumina Forenseq kit), in 3 Colombian ethno-geographic regions (Andina-Central, Pacifica and Orinoquia) of great impact in the armed conflict, due to the large number of victims that were generated there.
Palabras clave
Conflicto armado , Tecnología de secuencia masiva del genoma NGS/MPS , Validación interna , Análisis genético-poblacionales , Frecuencias poblacionales colombianas SNPs
Keywords
Genetic-population analyzes , Colombian population frequencies of SNPS markers , NGS new generation sequence validation
