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Acceso Abierto
The experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in Brazil
Título de la revista
Autores
Zuvanov, Luíza
Basso Garcia, Ana Letycia
Henrique Correr, Fernando
Bizarria Júnior, Rodolfo
Costa Filho, Ailton
Hayasi da Costa, Alisson
Thomaz, Andrea
Pinheiro, Ana Lucia
Riaño-Pachón, Diego Mauricio
Vischi Winck, Flavia
Archivos
Fecha
2021-11-11
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Resumen
La biología computacional ha ganado fuerza como disciplina científica independiente en los últimos años en América del Sur. Sin embargo, todavía existe una necesidad creciente de biocientíficos, de diferentes orígenes y con diferentes niveles, para adquirir habilidades de programación, lo que podría reducir el tiempo de los datos a los conocimientos y conectar la comunicación entre los científicos de la vida y los informáticos. Python es un lenguaje de programación ampliamente utilizado en bioinformática y ciencia de datos, que es particularmente adecuado para principiantes. Aquí, describimos la concepción, organización e implementación del Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos. Este taller ha sido organizado por estudiantes de pregrado y posgrado y apoyado, principalmente en asuntos administrativos, por profesores experimentados desde 2017. El taller fue concebido para enseñar a biocientíficos, principalmente estudiantes en Brasil, sobre cómo programar en un contexto biológico. El objetivo de este artículo fue compartir nuestra experiencia con la edición 2020 del taller en su formato virtual debido a la pandemia de la Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) y comparar y contrastar la experiencia de este año con las ediciones presenciales anteriores. Describimos un modelo de taller práctico y de codificación en vivo para enseñar la programación introductoria de Python. También destacamos las adaptaciones realizadas de formato presencial a online en 2020, la evaluación de los participantes sobre la progresión del aprendizaje y la gestión general del taller. Por último, brindamos un resumen y reflexiones de nuestras experiencias personales de los talleres de los últimos 4 años. Nuestras conclusiones incluyeron los beneficios del aprendizaje a partir de los comentarios de los alumnos (LLF, por sus siglas en inglés) que nos permitieron mejorar el taller en tiempo real, a corto y probablemente a largo plazo. Concluimos que el Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos es un modelo de taller altamente efectivo para la enseñanza de un lenguaje de programación que permite a los biocientíficos ir más allá de una exploración inicial de habilidades de programación para el análisis de datos a mediano y largo plazo.
Abstract
Computational biology has gained traction as an independent scientific discipline over the last years in South America. However, there is still a growing need for bioscientists, from different backgrounds, with different levels, to acquire programming skills, which could reduce the time from data to insights and bridge communication between life scientists and computer scientists. Python is a programming language extensively used in bioinformatics and data science, which is particularly suitable for beginners. Here, we describe the conception, organization, and implementation of the Brazilian Python Workshop for Biological Data. This workshop has been organized by graduate and undergraduate students and supported, mostly in administrative matters, by experienced faculty members since 2017. The workshop was conceived for teaching bioscientists, mainly students in Brazil, on how to program in a biological context. The goal of this article was to share our experience with the 2020 edition of the workshop in its virtual format due to the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic and to compare and contrast this year’s experience with the previous in-person editions. We described a hands-on and live coding workshop model for teaching introductory Python programming. We also highlighted the adaptations made from in-person to online format in 2020, the participants’ assessment of learning progression, and general workshop management. Lastly, we provided a summary and reflections from our personal experiences from the workshops of the last 4 years. Our takeaways included the benefits of the learning from learners’ feedback (LLF) that allowed us to improve the workshop in real time, in the short, and likely in the long term. We concluded that the Brazilian Python Workshop for Biological Data is a highly effective workshop model for teaching a programming language that allows bioscientists to go beyond an initial exploration of programming skills for data analysis in the medium to long term.
Palabras clave
Biología computacional , Biociencias Brasil , Lenguajes de programación , Python , Visualización de datos , Habilidades de programación , Talleres de formación , Datos biológicos , Métodos de enseñanza , Biological data
Keywords
Computational biology , Biosciences Brazil , Programming languages , Python , Data visualization , Programming skills , Information workshops , Teaching methods
