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Improved assembly of the Leishmania panamensis strain PSC-1 genome

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dc.creatorFabrega, Aldair
dc.creatorOrtega, Ana Cristina
dc.creatorPardo, Letizia
dc.creatorRestrepo, Carlos M.
dc.creatorLlanes, Alejandro
dc.date.accessioned2026-01-27T12:28:01Z
dc.date.available2026-01-27T12:28:01Z
dc.date.created2025-06-10
dc.date.issued2025-07-21
dc.descriptionLeishmania panamensis es un agente causal de leishmaniasis en Latinoamérica, con una incidencia significativa en Panamá y Colombia. El primer borrador del genoma anotado de este parásito quedó incompleto debido a su naturaleza altamente repetitiva. En este estudio, combinamos datos de secuenciación de lectura corta y larga para mejorar este borrador del genoma.
dc.description.abstractLeishmania panamensis is a causative agent of leishmaniasis in Latin America, with significant incidence in Panama and Colombia. The first annotated genome draft for this parasite remained incomplete due to its highly repetitive nature. Here, we combined short- and long-read sequencing data to improve this genome draft.
dc.format.extent3 pp
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.1128/mra.00627-25
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/47329
dc.language.isoeng
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International*
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accesoAbierto (Texto completo)spa
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dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/*
dc.source.bibliographicCitationLlanes A, Restrepo CM, Del Vecchio G, Anguizola FJ, Lleonart R. 2015. The genome of Leishmania panamensis: insights into genomics of the L. (Viannia) subgenus. Sci Rep 5:8550. https://doi.org/10.1038/srep08550
dc.source.bibliographicCitationRogers MB, Hilley JD, Dickens NJ, Wilkes J, Bates PA, Depledge DP, Harris D, Her Y, Herzyk P, Imamura H, Otto TD, Sanders M, Seeger K, Dujardin JC, Berriman M, Smith DF, Hertz-Fowler C, Mottram JC. 2011. Chromo some and gene copy number variation allow major structural change between species and strains of Leishmania. Genome Res 21:2129–2142. https://doi.org/10.1101/gr.122945.111
dc.source.bibliographicCitationPita S, Díaz-Viraqué F, Iraola G, Robello C. 2019. The tritryps comparative repeatome: insights on repetitive element evolution in trypanosomatid pathogens. Genome Biol Evol 11:546–551. https://doi.org/10.1093/gbe/ evz017
dc.source.bibliographicCitationGonzález-de la Fuente S, Peiró-Pastor R, Rastrojo A, Moreno J, Carrasco Ramiro F, Requena JM, Aguado B. 2017. Resequencing of the Leishmania infantum (strain JPCM5) genome and de novo assembly into 36 contigs. Sci Rep 7:18050. https://doi.org/10.1038/s41598-017-18374-y
dc.source.bibliographicCitationSci Rep 7:18050. https://doi.org/10.1038/s41598-017-18374-y Díaz-Viraqué F, Pita S, Greif G, CM, Iraola G, Robello C. 2019. Nanopore sequencing significantly improves genome assembly of the protozoan parasite Trypanosoma cruzi. Genome Biol Evol 11:1952–1957. https://doi. org/10.1093/gbe/evz129
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosariospa
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocURspa
dc.subjectLeishmania panamensis
dc.subjectAnuncios genómicos
dc.subjectTripanosomátidos
dc.subjectParásitos intracelulares
dc.subject.keywordLeishmania panamensis
dc.subject.keywordGenome announcements
dc.subject.keywordTrypanosomatids
dc.subject.keywordIntracellular parasites
dc.titleImproved assembly of the Leishmania panamensis strain PSC-1 genome
dc.typejournalArticle
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.spaArtículo
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