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Zika genomics urgently need standardized and curated reference sequences

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dc.creatorTheys, Kristof
dc.creatorLibin, Pieter
dc.creatorDallmeier, Kai
dc.creatorPineda-Peña, Andrea-Clemencia
dc.creatorVandamme, Anne-Mieke
dc.creatorCuypers, Lize
dc.creatorAbecasis, Ana B.
dc.date.accessioned2022-08-31T16:23:07Z
dc.date.available2022-08-31T16:23:07Z
dc.date.created2017
dc.date.issued2017-09-07
dc.descriptionLas epidemias virales emergentes representan una amenaza para la salud pública a nivel mundial. La reciente propagación del virus Zika (ZIKV) en la región del Pacífico y las Américas es particularmente preocupante, dada su asociación con malformaciones congénitas graves. El 1 de febrero de 2016, la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró al ZIKV una emergencia de salud pública de importancia internacional, lo que provocó una respuesta mundial para mejorar nuestra comprensión de la epidemiología y las manifestaciones de la enfermedad del ZIKV. La vigilancia intensificada del ZIKV y el intercambio en tiempo real de nueva evidencia científica coincidieron con una ampliación de la secuenciación del genoma completo del ZIKV con fines de salud pública y diagnóstico [1,2]. Como resultado, la mayoría de los genomas humanos del ZIKV disponibles hasta la fecha se originan en el brote en curso. Si bien esta proliferación de datos genómicos ofrece nuevas oportunidades para la genómica comparativa y evolutiva del ZIKV, demostramos que el rápido avance en la genómica del ZIKV ha resultado en inconsistencias que complican la interpretación, la reproducibilidad y la comparación de los hallazgos de los estudios y entre ellos, particularmente debido a la falta de consenso sobre una anotación genómica de referencia estandarizada y representativa. Los genomas de referencia de ZIKV no coinciden con las cepas de virus muestreadas de la epidemia mundial o no están adecuadamente anotados a nivel de proteína, y la heterogeneidad actual en la metodología del estudio limita en última instancia todo el potencial de la genómica de ZIKV. En esta carta, abordamos la necesidad de curación y anotación estandarizada de los genomas de referencia de ZIKV para guiar a los investigadores y médicos en los análisis genómicos y la traducción de los resultados de la investigación.es
dc.description.abstractEmerging viral epidemics pose a threat to public health globally. The recent spread of the Zika virus (ZIKV) across the Pacific region and the Americas is particularly disturbing, given its association with severe birth malformations. On February 1, 2016, the World Health Organization (WHO) declared ZIKV a Public Health Emergency of International Concern, which prompted a global response to improve our understanding of ZIKV epidemiology and disease manifestations. Intensified ZIKV surveillance and real-time sharing of novel scientific evidence coincided with a scaling up of ZIKV whole genome sequencing for public health purposes and diagnostics [1,2]. As a result, most human ZIKV genomes available to date originate from the ongoing outbreak. While this proliferation of genomic data offers new opportunities for comparative and evolutionary genomics of ZIKV, we demonstrate that the rapid advance in ZIKV genomics has resulted in inconsistencies that complicate the interpretation, reproducibility, and comparison of findings from and across studies, particularly due to the lack of consensus on a standardized and representative reference genome annotation. ZIKV reference genomes do not match virus strains sampled from the global epidemic or are not adequately annotated at the protein level, and current heterogeneity in study methodology ultimately limits the full potential of ZIKV genomics. In this letter, we address the need for curation and standardized annotation of ZIKV reference genomes in order to guide researchers and clinicians in genomic analyses and the translation of research findings.es
dc.format.extent4 ppes
dc.format.mimetypeapplication/pdfes
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006528es
dc.identifier.issn1553-7374es
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/34836
dc.language.isoenges
dc.relation.urihttps://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006528es
dc.rightsAtribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombia*
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses
dc.rights.accesoAbierto (Texto Completo)es
dc.rights.licenciaEL AUTOR, manifiesta que la obra objeto de la presente autorización es original y la realizó sin violar o usurpar derechos de autor de terceros, por lo tanto la obra es de exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre la misma. PARGRAFO: En caso de presentarse cualquier reclamación o acción por parte de un tercero en cuanto a los derechos de autor sobre la obra en cuestión, EL AUTOR, asumirá toda la responsabilidad, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos la universidad actúa como un tercero de buena fe. EL AUTOR, autoriza a LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, Ley 44 de 1993, Decisión andina 351 de 1993, Decreto 460 de 1995 y demás normas generales sobre la materia, utilice y use la obra objeto de la presente autorización. -------------------------------------- POLITICA DE TRATAMIENTO DE DATOS PERSONALES. Declaro que autorizo previa y de forma informada el tratamiento de mis datos personales por parte de LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO para fines académicos y en aplicación de convenios con terceros o servicios conexos con actividades propias de la academia, con estricto cumplimiento de los principios de ley. Para el correcto ejercicio de mi derecho de habeas data cuento con la cuenta de correo habeasdata@urosario.edu.co, donde previa identificación podré solicitar la consulta, corrección y supresión de mis datos.spa
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/co/*
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosariospa
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocURspa
dc.subjectGenómica comparativaes
dc.subjectAnotación del genomaes
dc.subjectGenómicaes
dc.subjectGenómica humanaes
dc.subjectGenómica de mamíferoses
dc.subjectNucleótidoses
dc.subjectGenómica virales
dc.subjectVirus zikaes
dc.subject.ddcEnfermedadeses
dc.subject.keywordComparative genomicses
dc.subject.keywordGenome annotationes
dc.subject.keywordGenomicses
dc.subject.keywordHuman genomicses
dc.subject.keywordMammalian genomicses
dc.subject.keywordNucleotideses
dc.subject.keywordViral genomicses
dc.subject.keywordZika viruses
dc.titleZika genomics urgently need standardized and curated reference sequenceses
dc.typearticlees
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersiones
dc.type.spaArtículoes
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