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Molecular type distribution and fluconazole susceptibility of clinical Cryptococcus gattii isolates from South African laboratory-based surveillance, 2005–2013
| dc.creator | Naicker, Serisha | |
| dc.creator | Firacative Ropero, Sandra Carolina | |
| dc.creator | van Schalkwyk, Erika | |
| dc.creator | Maphanga, Tsidiso G. | |
| dc.creator | Monroy-Nieto, Juan | |
| dc.creator | Bowers, Jolene R. | |
| dc.creator | Engelthaler, David M. | |
| dc.creator | Meyer, Wieland | |
| dc.creator | Govender, Nelesh P. | |
| dc.date.accessioned | 2022-08-31T16:54:40Z | |
| dc.date.available | 2022-08-31T16:54:40Z | |
| dc.date.created | 2022 | |
| dc.date.issued | 2022-06-29 | |
| dc.description | Como es el caso a nivel mundial, Cryptococcus gattii es una causa menos frecuente de criptococosis que Cryptococcus neoformans en Sudáfrica. Realizamos tipificación de secuencias multilocus (MLST) y pruebas de susceptibilidad a fluconazol de 146 aislamientos seleccionados al azar de 750 Pacientes sudafricanos con enfermedad por C. gattii identificados mediante vigilancia de laboratorio mejorada, de 2005 a 2013. El tipo molecular dominante fue VGIV (101/146, 70 %), seguido de VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) y VGIII (2/146, 1%). Entre los 146 aislamientos de C. gattii, se identificaron 99 tipos de secuencia (ST) diferentes, con ST294 (14/146, 10 %) y ST155 (10/146, 7%) siendo el más comúnmente observado. Los valores de CIM50 y CIM90 de fluconazol de 105 (de 146) aislados de C. gattii seleccionados al azar fueron de 4 μg/ml y 16 μg/ml, respectivamente. Los aislamientos VGIV tenían un valor MIC50 más bajo en comparación con los aislamientos no VGIV, pero estos los valores estaban dentro de una dilución doble uno del otro. Los pacientes seropositivos para el VIH tenían una probabilidad ajustada diez veces mayor de una infección por VGIV en comparación con los pacientes seronegativos para el VIH. aunque con números pequeños (99/136; 73% vs. 2/10; 20%), el intervalo de confianza (IC) fue ancho (IC 95%: 1,93-55,31, p = 0,006). La filogenia del genoma completo de 98 aislamientos del tipo molecular más prevalente de Sudáfrica, VGIV, identificó que este tipo molecular es altamente diversos, con dos grupos interesantes de diez y seis aislamientos estrechamente relacionados identificados respectivamente. Uno de estos grupos consistía únicamente en pacientes de la provincia de Mpumalanga en Sudáfrica, lo que sugiere una fuente ambiental similar. Este estudio aportó nuevos conocimientos sobre la estructura de la población mundial de este importante patógeno humano. | es |
| dc.description.abstract | As is the case globally, Cryptococcus gattii is a less frequent cause of cryptococcosis than Cryptococcus neoformans in South Africa. We performed multilocus sequence typing (MLST) and fluconazole susceptibility testing of 146 isolates randomly selected from 750 South African patients with C. gattii disease identified through enhanced laboratory surveil lance, 2005 to 2013. The dominant molecular type was VGIV (101/146, 70%), followed by VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) and VGIII (2/146, 1%). Among the 146 C. gattii iso lates, 99 different sequence types (STs) were identified, with ST294 (14/146, 10%) and ST155 (10/146, 7%) being most commonly observed. The fluconazole MIC50 and MIC90 val ues of 105 (of 146) randomly selected C. gattii isolates were 4 μg/ml and 16 μg/ml, respec tively. VGIV isolates had a lower MIC50 value compared to non-VGIV isolates, but these values were within one double-dilution of each other. HIV-seropositive patients had a ten fold increased adjusted odds of a VGIV infection compared to HIV-seronegative patients, though with small numbers (99/136; 73% vs. 2/10; 20%), the confidence interval (CI) was wide (95% CI: 1.93–55.31, p = 0.006). Whole genome phylogeny of 98 isolates of South Afri ca’s most prevalent molecular type, VGIV, identified that this molecular type is highly diverse, with two interesting clusters of ten and six closely related isolates being identified respectively. One of these clusters consisted only of patients from the Mpumalanga Prov ince in South Africa, suggesting a similar environmental source. This study contributed new insights into the global population structure of this important human pathogen. | es |
| dc.format.extent | 19 pp | es |
| dc.format.mimetype | application/pdf | es |
| dc.identifier.doi | https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010448 | es |
| dc.identifier.issn | 1935-2735 | es |
| dc.identifier.uri | https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/34839 | |
| dc.language.iso | eng | es |
| dc.relation.uri | https://journals.plos.org/plosntds/article/authors?id=10.1371/journal.pntd.0010448 | es |
| dc.rights | Atribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombia | * |
| dc.rights.accesRights | info:eu-repo/semantics/openAccess | es |
| dc.rights.acceso | Abierto (Texto Completo) | es |
| dc.rights.licencia | EL AUTOR, manifiesta que la obra objeto de la presente autorización es original y la realizó sin violar o usurpar derechos de autor de terceros, por lo tanto la obra es de exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre la misma. PARGRAFO: En caso de presentarse cualquier reclamación o acción por parte de un tercero en cuanto a los derechos de autor sobre la obra en cuestión, EL AUTOR, asumirá toda la responsabilidad, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos la universidad actúa como un tercero de buena fe. EL AUTOR, autoriza a LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, Ley 44 de 1993, Decisión andina 351 de 1993, Decreto 460 de 1995 y demás normas generales sobre la materia, utilice y use la obra objeto de la presente autorización. -------------------------------------- POLITICA DE TRATAMIENTO DE DATOS PERSONALES. Declaro que autorizo previa y de forma informada el tratamiento de mis datos personales por parte de LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO para fines académicos y en aplicación de convenios con terceros o servicios conexos con actividades propias de la academia, con estricto cumplimiento de los principios de ley. Para el correcto ejercicio de mi derecho de habeas data cuento con la cuenta de correo habeasdata@urosario.edu.co, donde previa identificación podré solicitar la consulta, corrección y supresión de mis datos. | spa |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/co/ | * |
| dc.source.instname | instname:Universidad del Rosario | spa |
| dc.source.reponame | reponame:Repositorio Institucional EdocUR | spa |
| dc.subject | Pueblo africano | es |
| dc.subject | criptococosis | es |
| dc.subject | Criptococo | es |
| dc.subject | Cryptococcus gattii | es |
| dc.subject | Cryptococcus neoformans | es |
| dc.subject | Vigilancia de enfermedades infecciosas | es |
| dc.subject | Polimorfismos de un sólo nucleótido | es |
| dc.subject.ddc | Enfermedades | es |
| dc.subject.keyword | African people | es |
| dc.subject.keyword | Cryptococcus | es |
| dc.subject.keyword | Cryptococcosis | es |
| dc.subject.keyword | Cryptococcus gattii | es |
| dc.subject.keyword | Cryptococcus neoformans | es |
| dc.subject.keyword | Infectious disease surveillance | es |
| dc.subject.keyword | Single nucleotide polymorphisms | es |
| dc.title | Molecular type distribution and fluconazole susceptibility of clinical Cryptococcus gattii isolates from South African laboratory-based surveillance, 2005–2013 | es |
| dc.type | article | es |
| dc.type.hasVersion | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | es |
| dc.type.spa | Artículo | es |
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