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Caracterización de comunidades virales en muestras fecales de bovinos de la provincia de Ubaté, Cundinamarca, Colombia


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Fecha
2023-06-09

Directores
Ramírez, Juan David
Castañeda, Sergio

ISSN de la revista
Título del volumen
Editor
Universidad del Rosario

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Resumen
Las infecciones virales pueden repercutir sobre la salud del ganado bovino con consecuencias que trascienden a la productividad económica, la salud humana y de otros animales. La identificación de los virus presentes en las heces, una de las principales rutas de transmisión de patógenos, contribuye a la elaboración de planes de prevención, control y vigilancia. Las aproximaciones de metagenómica viral brindan un panorama más amplio y tienen un gran potencial a la hora de detección de virus desconocidos o la sugerencia de agentes no descritos anteriormente. Por esta razón, en este trabajo se caracterizaron las comunidades virales de muestras de materia fecal de bovinos de uno de los epicentros de la ganadería en Colombia (La Provincia de Ubaté) mediante secuenciación de tercera generación (Oxford Nanopore Technologies). Describimos el viroma de muestras de heces de bovinos a partir de un muestreo no probabilístico a conveniencia de 42 muestras provenientes de tres municipios de la Provincia de Ubaté, Cundinamarca. Utilizamos un enfoque de secuenciación metagenómica con tecnologías Oxford Nanopore junto con análisis de diversidad y filogenéticos. Se demostró una composición viral homogénea y estable entre municipios, predominada por miembros de la familia Picornaviridae. A nivel de especie los virus más abundantes fueron el Enterovirus E (EVE) y el Astrovirus Bovino (BoAstV). Notificamos por primera vez en Colombia virus de importancia veterinaria con frecuencias significativas: EVE (59%), KVB (52%) y BoAstV (19%), además de la confirmación de CRESS Virus en heces de animales. El viroma de las heces de bovinos en la Provincia de Ubaté se caracteriza por la predominancia de virus potencialmente patógenos que han sido reportados con prevalencias y cantidades considerables. Varios de estos virus se reportan por primera vez en Colombia. Este estudio evidencia la utilidad de la implementación de técnicas de secuenciación metagenómica en la vigilancia epidemiológica. Se sientan bases para futuras investigaciones sobre los efectos de estos agentes en la salud de los bovinos y su prevalencia en el país, contribuyendo al control y prevención de enfermedades infecciosas.
Abstract
Viral infections can have a significant impact on the health of bovine livestock, with consequences that extend to economic productivity, human health, and the health of other animals. Identifying the viruses present in fecal samples, one of the main routes of pathogen transmission, contributes to the development of prevention, control, and surveillance plans. Viral metagenomics approaches provide a broader picture and have great potential in detecting unknown viruses or suggesting previously undescribed agents. Therefore, in this study, viral communities in fecal samples from bovines in one of the livestock epicenters in Colombia (Ubaté Province) were characterized using third-generation sequencing (Oxford Nanopore Technologies). We described the virome of fecal samples from cattle using a non-probabilistic convenience sampling of 42 samples collected from three municipalities in the Ubaté Province, Cundinamarca. We employed a metagenomic sequencing approach with Oxford Nanopore technologies, along with diversity and phylogenetic analyses. The virome showed a homogeneous and stable viral composition across municipalities, predominantly consisting of members of the Picornaviridae family. At the species level, the most abundant viruses were Enterovirus E (EVE) and Bovine Astrovirus (BoAstV). We report for the first time in Colombia the presence of economically important viruses with significant frequencies: EVE (59%), Bovine Kobuvirus (KVB) (52%), and BoAstV (19%), as well as confirmation of CRESS Virus in fecal samples from animals. The virome of bovine feces in the Ubaté Province is characterized by the predominance of potentially pathogenic viruses that have been reported with considerable prevalence and quantities. Several of these viruses are reported for the first time in Colombia. This study demonstrates the usefulness of implementing metagenomic sequencing techniques in epidemiological surveillance. It lays the foundation for future research on the effects of these agents on bovine health and their prevalence in the country, contributing to the control and prevention of infectious diseases.
Palabras clave
Viroma , Ganado , Secuenciación de Próxima Generación , Virus
Keywords
Virome, , Cattle , Next Generation Sequencing , Virus
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