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Selecting barcoding loci for plants: Evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants

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dc.creatorHollingsworth, Michelle L.spa
dc.creatorClark, Alexandraspa
dc.creatorForrest, Laura Lspa
dc.creatorRichardson, James-Edwardspa
dc.creatorPennington, R. Tobyspa
dc.creatorLong, David Gspa
dc.creatorCowan, Robynspa
dc.creatorChase, Mark W.spa
dc.creatorGaudeul, Myriamspa
dc.creatorHollingsworth, Peter M.spa
dc.date.accessioned2020-08-19T14:40:32Z
dc.date.available2020-08-19T14:40:32Z
dc.date.created2009-01-01spa
dc.descriptionHa habido un debate considerable, pero poco consenso con respecto a la elección del lugar para las plantas terrestres con códigos de barras de ADN. Esto se debe en parte a la escasez de datos comparables de todos los loci candidatos propuestos en un conjunto común de muestras. En este estudio, evaluamos las siete principales regiones de plastidios candidatas ( rpoC1 , rpoB , rbcL , matK , trnH ? psbA , atpF ? atpH , psbK ? psbI ) en tres grupos divergentes de plantas terrestres [ Inga (angiosperma); Araucaria (gimnosperma); Asterella sl (agrimonia)]. En todos estos grupos, ningún locus mostró altos niveles de universalidad y resolubilidad. El intercambio interespecífico de secuencias de loci individuales fue común. Sin embargo, cuando se combinaron varios loci, se compartieron menos códigos de barras entre las especies. La evaluación del rendimiento de sugerencias publicadas anteriormente de combinaciones particulares de códigos de barras multilocus mostró un rendimiento ampliamente equivalente. Se obtuvieron mejoras menores en estos mediante varias combinaciones nuevas de tres locus que incluían rpoC1 , rbcL , matK y trnH ? psbA , pero ninguna combinación superó claramente a todas las demás. En términos de poder discriminatorio absoluto, se produjeron resultados prometedores en las hepáticas (por ejemplo, c. Discriminación de especies del 90% basada solo en rbcL ). Sin embargo, Inga (radiación rápida) y Araucaria (tasas lentas de sustitución) representan grupos desafiantes para los códigos de barras de ADN, y sus niveles correspondientes de discriminación de especies reflejan esto (estimación superior de discriminación de especies = 69% en Inga y solo 32% en Araucaria; media = 60% promediando los tres grupos).spa
dc.description.abstractThere has been considerable debate, but little consensus regarding locus choice for DNA barcoding land plants. This is partly attributable to a shortage of comparable data from all proposed candidate loci on a common set of samples. In this study, we evaluated the seven main candidate plastid regions (rpoC1 , rpoB , rbcL , matK , trnH?psbA , atpF?atpH , psbK?psbI ) in three divergent groups of land plants [Inga (angiosperm); Araucaria (gymnosperm); Asterella s.l. (liverwort)]. Across these groups, no single locus showed high levels of universality and resolvability. Interspecific sharing of sequences from individual loci was common. However, when multiple loci were combined, fewer barcodes were shared among species. Evaluation of the performance of previously published suggestions of particular multilocus barcode combinations showed broadly equivalent performance. Minor improvements on these were obtained by various new three?locus combinations involving rpoC1 , rbcL , matK and trnH?psbA , but no single combination clearly outperformed all others. In terms of absolute discriminatory power, promising results occurred in liverworts (e.g. c . 90% species discrimination based on rbcL alone). However, Inga (rapid radiation) and Araucaria (slow rates of substitution) represent challenging groups for DNA barcoding, and their corresponding levels of species discrimination reflect this (upper estimate of species discrimination = 69% in Inga and only 32% in Araucaria; mean = 60% averaging all three groups).spa
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.x
dc.identifier.issnISSN: 1755-098X
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/26927
dc.language.isoengspa
dc.publisherJohn Wiley & Sonsspa
dc.relation.citationEndPage457
dc.relation.citationIssueNo. 2
dc.relation.citationStartPage439
dc.relation.citationTitleMolecular Ecology Resources, Molecular Ecology Notes
dc.relation.citationVolumeVol. 9
dc.relation.ispartofMolecular Ecology Resources, ISSN:1755-098X, Vol.9, No.2 (marzo-2009);pp. 439-457spa
dc.relation.urihttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.xspa
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.accesoRestringido (Acceso a grupos específicos)spa
dc.sourceMolecular Ecology Resources, Molecular Ecology Notesspa
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosario
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocUR
dc.subjectPlastidios Candidatasspa
dc.subjectrpoC1spa
dc.subjectrpoBspa
dc.subjectrbcLspa
dc.subjectmatKspa
dc.subjecttrnH ? psbAspa
dc.subjectatpF ? atpHspa
dc.subjectpsbK ? psbIspa
dc.subjectADNspa
dc.subjectSecuencias de Locispa
dc.subject.keywordPlastidios Candidatasspa
dc.subject.keywordrpoC1spa
dc.subject.keywordrpoBspa
dc.subject.keywordrbcLspa
dc.subject.keywordmatKspa
dc.subject.keywordtrnH - psbAspa
dc.subject.keywordatpF - atpHspa
dc.subject.keywordpsbK - psbIspa
dc.subject.keywordADNspa
dc.subject.keywordSecuencias de Locispa
dc.titleSelecting barcoding loci for plants: Evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plantsspa
dc.title.TranslatedTitleSelección de loci de códigos de barras para plantas: evaluación de siete loci candidatos con muestreo a nivel de especie en tres grupos divergentes de plantas terrestresspa
dc.typearticleeng
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.spaArtículospa
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