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Global and genetic diversity of SARS-CoV-2 in wastewater

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dc.creatorPatiño,Luz Helenaspa
dc.creatorBallesteros, Nathaliaspa
dc.creatorMuñoz, Marinaspa
dc.creatorLorena Ramírez, Angiespa
dc.creatorCastañeda,Sergiospa
dc.creatorGaleano,Luis Alejandrospa
dc.creatorHidalgo, Arseniospa
dc.creatorPaniz-Mondolfi,Albertospa
dc.creatorRamírez, Juan Davidspa
dc.date.accessioned2024-07-08T16:50:54Z
dc.date.available2024-07-08T16:50:54Z
dc.date.created2024-03-15spa
dc.date.issued2024-03-15spa
dc.descriptionEl análisis del SARS-CoV-2 en aguas residuales nos ha permitido comprender mejor la propagación y evolución del virus en todo el mundo. Para profundizar nuestra comprensión de sus características epidemiológicas y genómicas, analizamos 10.147 secuencias de SARS-CoV-2 de 5 continentes y 21 países que fueron depositadas en la base de datos GISAID hasta el 31 de enero de 2023. Nuestros resultados revelaron más de 100 linajes independientes del virus. circulando en muestras de agua desde marzo de 2020 hasta enero de 2023, incluidas variantes de interés y preocupación. Observamos cuatro períodos claramente definidos de distribución global de estas variantes a lo largo del tiempo, en los que una variante fue reemplazada por otra. Curiosamente, descubrimos que las secuencias transmitidas por el agua del SARS-CoV-2 de diferentes países tenían una estrecha relación filogenética. Además, 40 secuencias del SARS-CoV-2 transmitidas por el agua de Europa y EE. UU. no mostraron ninguna relación filogenética con las secuencias humanas del SARS-CoV-2. También identificamos un número significativo de mutaciones no sinónimas, algunas de las cuales se detectaron en linajes crípticos informados anteriormente. Entre los países analizados, Francia y Estados Unidos mostraron el mayor grado de diversidad de secuencias, mientras que Austria informó el mayor número de genomas (6.296). Nuestro estudio proporciona información valiosa sobre la diversidad epidemiológica y genómica del SARS-CoV-2 en las aguas residuales, que puede utilizarse para apoyar las iniciativas y la preparación de salud pública.spa
dc.description.abstractThe analysis of SARS-CoV-2 in wastewater has enabled us to better understand the spread and evolution of the virus worldwide. To deepen our understanding of its epidemiological and genomic characteristics, we analyzed 10,147 SARS-CoV-2 sequences from 5 continents and 21 countries that were deposited in the GISAID database up until January 31, 2023. Our results revealed over 100 independent lineages of the virus circulating in water samples from March 2020 to January 2023, including variants of interest and concern. We observed four clearly defined periods of global distribution of these variants over time, with one variant being replaced by another. Interestingly, we found that SARS-CoV-2 water-borne sequences from different countries had a close phylogenetic relationship. Additionally, 40 SARS-CoV-2 water-borne sequences from Europe and the USA did not show any phylogenetic relationship with SARS-CoV-2 human sequences. We also identified a significant number of non-synonymous mutations, some of which were detected in previously reported cryptic lineages. Among the countries analyzed, France and the USA showed the highest degree of sequence diversity, while Austria reported the highest number of genomes (6,296). Our study provides valuable information about the epidemiological and genomic diversity of SARS-CoV-2 in wastewater, which can be employed to support public health initiatives and preparedness.eng
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e27452spa
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42906
dc.language.isoengspa
dc.relation.ispartofHeliyonspa
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalspa
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessspa
dc.rights.accesoAbierto (Texto Completo)spa
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/spa
dc.sourceHeliyonspa
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosariospa
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocURspa
dc.subjectSARS-CoV-2spa
dc.subjectLinaje crípticospa
dc.subjectanálisis hilogenéticospa
dc.subjectSustitución Variantespa
dc.subject.keywordSARS-CoV-2eng
dc.subject.keywordCryptic lineageeng
dc.subject.keywordhylogenetic analysiseng
dc.subject.keywordSubstitution Varianteng
dc.titleGlobal and genetic diversity of SARS-CoV-2 in wastewaterspa
dc.typearticlespa
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionspa
dc.type.spaArtículo de Investigaciónspa
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