Ítem
Acceso Abierto
Cryptic transmission and novel introduction of Dengue 1 and 2 genotypes in Colombia
Título de la revista
Autores
Martínez Medina, David Fernando
Archivos
Fecha
2024-05-27
Directores
Ramírez González, Juan David
ISSN de la revista
Título del volumen
Editor
Universidad del Rosario
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Resumen
El dengue sigue siendo un reto para la salud pública en Colombia, siendo la enfermedad infecciosa más prevalente en el país. Por lo tanto, el sistema colombiano enfrenta retos en la vigilancia genómica. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la transmisión local del virus del dengue (DENV) y la diversidad genética en cuatro departamentos colombianos con patrones de incidencia heterogéneos. Para este estudio, procesamos 266 muestras de suero para identificar el virus del dengue (DENV). Posteriormente, obtuvimos 118 secuencias genómicas mediante la secuenciación de genomas de DENV de muestras de suero de 134 pacientes infectados con los serotipos DENV-1 y DENV-2. El serotipo predominante fue el DENV-2 (108/143), siendo el genotipo asiático-americano (AA) (91/118) el más prevalente. El análisis filogenético reveló la circulación concurrente de dos linajes tanto del DENV-2 AA como del DENV-1 V, lo que sugiere un intercambio genético continuo con secuencias procedentes de Venezuela y Cuba. La continua migración de ciudadanos venezolanos hacia Colombia puede contribuir a este intercambio, enfatizando la necesidad de reforzar las medidas de prevención en las zonas fronterizas. Notablemente, el análisis de Tiempo al Ancestro Común Más Reciente identificó la transmisión críptica de DENV-2 AA desde aproximadamente 2015. Esto desafía la noción de que los brotes importantes son desencadenados únicamente por introducciones recientes del virus, enfatizando la importancia de la vigilancia genómica activa. El estudio también puso en relieve las presiones de selección contrastadas sobre el DENV-1 V y el DENV-2 AA, experimentando este último una selección positiva, que posiblemente influya en su transmisibilidad. La presencia de un genotipo cosmopolita en Colombia, vinculado a Brasil, suscita preocupación por las rutas de transmisión, lo que subraya la necesidad de realizar estudios exhaustivos sobre la evolución del DENV. A pesar de las limitaciones, el estudio subraya el papel crucial de la epidemiología genómica en la detección temprana y la comprensión de los genotipos del DENV, abogando por técnicas avanzadas de secuenciación como un sistema de alerta temprana para ayudar a prevenir y controlar los brotes de dengue en Colombia y en el mundo.
Abstract
Dengue fever remains as a public health challenge in Colombia, standing as the most prevalent infectious disease in the country. The cyclic nature of dengue epidemics, occurring approximately every three years, is intricately linked to meteorological events like El Niño Southern Oscillation (ENSO). Therefore, the Colombian system faces challenges in genomic surveillance. This study aimed to evaluate local dengue virus (DENV) transmission and genetic diversity in four Colombian departments with heterogeneous incidence patterns. For this study, we processed 266 serum samples to identify DENV. Subsequently, we obtained 118 genome sequences by sequencing DENV genomes from serum samples of 134 patients infected with DENV-1 and DENV-2 serotypes. The predominant serotype was DENV-2 (108/143), being the Asian-American (AA) genotype (91/118) the most prevalent one. Phylogenetic analysis revealed concurrent circulation of two lineages of both DENV-2 AA and DENV-1 V, suggesting ongoing genetic exchange with sequences from Venezuela and Cuba. The continuous migration of Venezuelan citizens into Colombia can contribute to this exchange, emphasizing the need for strengthened prevention measures in border areas. Notably, the Time to Most Recent Common Ancestor analysis identified cryptic transmission of DENV-2 AA since approximately 2015, leading to the recent epidemic. This challenges the notion that major outbreaks are solely triggered by recent virus introductions, emphasizing the importance of active genomic surveillance. The study also highlighted the contrasting selection pressures on DENV-1 V and DENV-2 AA, with the latter experiencing positive selection, possibly influencing its transmissibility. The presence of a cosmopolitan genotype in Colombia, linked to Brazil, raises concerns about transmission routes, emphasizing the necessity for thorough DENV evolution studies. Despite limitations, the study underscores genomic epidemiology's crucial role in early detection and comprehension of DENV genotypes, advocating for advanced sequencing techniques as an early warning system to aid in preventing and controlling dengue outbreaks in Colombia and globally.
Palabras clave
Virus del dengue , Epidemiología genómica , Filogenómica , Transmisión críptica , Genotipo cosmopolita
Keywords
Dengue virus , Genomic epidemiology , Phylogenomics , Cryptic transmission , Cosmopolitan genotype
