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Caracterización de la microbiota eucariota en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) del departamento de Casanare, Colombia

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dc.contributor.advisorRamírez González, Juan David
dc.contributor.advisorMuñoz Díaz, Marina
dc.contributor.gruplacGrupo de Investigaciones Microbiológicas UR (GIMUR)
dc.creatorMarín Sánchez, Jorge Arturo
dc.creator.degreeBiólogo
dc.creator.degreeLevelPregrado
dc.creator.degreetypeFull time
dc.date.accessioned2024-04-05T19:53:01Z
dc.date.available2024-04-05T19:53:01Z
dc.date.created2024-03-22
dc.descriptionLa investigación de la microbiota en organismos silvestres se vuelve crucial, especialmente con la creciente interacción humana. El desarrollo de las actividades antropogénicas resalta la importancia de comprender la composición de microorganismos eucariotas en hospederos y ambientes, dado su potencial como agentes patógenos y su riesgo para la salud. Este estudio se enfoca en la caracterización de microorganismos eucariotas en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) de Casanare, Colombia, utilizando 18 muestras pareadas de hisopados anales y bucales de individuos de los municipios de Trinidad y Paz de Ariporo. Se secuencio un fragmento del gen ribosomal 18S rRNA que abarcaba las regiones hipervariables V4 hasta un fragmento de V7. Utilizando la herramienta de asignación taxonómica Kraken2, se identificó la presencia de microorganismos como Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, entre otros. Se identificó una baja diversidad de especies con una alta dominancia de pocas unidades taxonómicas. La presencia de estos microorganismos en las muestras analizadas se atribuye a la interacción del chigüiro con agentes portadores externos y al entorno ambiental en el que estos animales habitan. Este enfoque taxonómico proporciona una comprensión profunda de las comunidades de eucariotas asociadas con los chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) en la región, destacando organismos de alta relevancia para la salud animal y humana. Los hallazgos confirman el papel de estos roedores como posibles transmisores de organismos patógenos con potencial zoonótico y contribuye a la ecoepidemiología de organismos silvestres, especialmente de los chigüiros (H. hydrochaeris).
dc.description.abstractInvestigating the microbiota in wildlife organisms has become increasingly important due to rising human interaction. The surge in anthropogenic activities emphasizes the need to comprehend the composition of eukaryotic microorganisms in these microbiomes, given their potential as pathogenic agents and their implications for human health. This study is specifically focused on characterizing eukaryotic microorganisms in capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris) from Casanare, Colombia. We utilized 18 anal and 18 buccal swab samples from individuals in the municipalities of Trinidad and Paz de Ariporo. A fragment of the 18S-rRNA ribosomal gene, spanning from the hypervariable regions V4 to a portion of V7, was sequenced. Using the taxonomic assignment tool Kraken2, the presence of microorganisms such as Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, among others, was identified. A clear pattern of low species diversity with distinct dominance among them emerged from our analysis. The presence of these microorganisms in the examined samples is attributed to the capybara's interaction with external carrier agents and the environmental surroundings in which these animals inhabit. This taxonomic approach provides a deeper understanding of the eukaryotic microbial community associated with capybaras (H. hydrochaeris) in the region, highlighting organisms of high relevance to animal and human health. The findings confirm the role of these rodents as potential carriers of pathogenic organisms with zoonotic potential and contribute to the ecoepidemiology of wildlife organisms, especially capybaras (H. hydrochaeris).
dc.description.sponsorshipFacultad de Ciencias Naturales Universidad del Rosario
dc.format.extent29 pp
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.48713/10336_42397
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42397
dc.language.isospa
dc.publisherUniversidad del Rosario
dc.publisher.departmentFacultad de Ciencias Naturales
dc.publisher.programBiología
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International*
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accesoAbierto (Texto Completo)
dc.rights.economicrightsUniversidad del Rosario
dc.rights.licenciaEL AUTOR, manifiesta que la obra objeto de la presente autorización es original y la realizó sin violar o usurpar derechos de autor de terceros, por lo tanto la obra es de exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre la misma.spa
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dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosario
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocUR
dc.subjectMicrorganismos eucariotas
dc.subjectEnfermedades zoonóticas
dc.subjectPatógenos
dc.subjectHerramientas de secuenciación de última generación
dc.subject.keywordEukaryotic microorganisms
dc.subject.keywordZoonotic diseases
dc.subject.keywordPathogens
dc.subject.keywordNext-generation sequencing technologies
dc.titleCaracterización de la microbiota eucariota en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) del departamento de Casanare, Colombia
dc.title.TranslatedTitleCharacterization of the eukaryotic microbiota in capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris) from the Casanare department, Colombia
dc.typebachelorThesis
dc.type.documentTrabajo de grado
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.spaTrabajo de grado
local.department.reportFacultad de Ciencias Naturales
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