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Design of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit gene

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dc.creatorArenas N.E.spa
dc.creatorPolanco J.C.spa
dc.creatorCoronado S.M.spa
dc.creatorDurango C.J.spa
dc.creatorGómez, Arleyspa
dc.date.accessioned2020-06-11T13:20:53Z
dc.date.available2020-06-11T13:20:53Z
dc.date.created2009spa
dc.descriptionIntroducción: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis y la ocena por Klebsiella pneumoniae ozaenae respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior y tienen una sintomatología inespecífica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro común. Las dificultades de establecer un diagnóstico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, porque puede no ser efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase crónica cuyo seguimiento puede implicar muchos años. Objetivo: Diseñar un ensayo molecular para la identificación a nivel de subespecie de bacterias del género Klebsiella basado en restricción de amplicones del gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S). Metodología: Se generaron patrones de restricción específicos, utilizando secuencias informadas del gen ADNr 16S y los programas bioinformáticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para la amplificación y restricción para el ensayo experimental. Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer un algoritmo para la identificación a nivel de especie y subespecie de las especies del género Klebsiella. Se incluyeron dos cepas de referencia y dos aislados clínicos, que se biotipificaron e identificaron por el método propuesto; los patrones de restricción obtenidos del gen ADNr 16S evidenciaron diferencias con respecto a la especie inicialmente identificada por métodos convencionales. Además se encontraron dos patrones de bandas en Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis, indicando la presencia de polimorfismos en el gen ADNr 16S para esta subespecie. Conclusiones: Se confirmó la dificultad para identificar Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie por métodos convencionales. La implementación de esta técnica podría permitir la diferenciación temprana entre Klebsiella pneumoniae ozaenae y Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis que causan dos infecciones tratadas por lo general de forma empírica y como consecuencia de esto, la terapia antimicrobiana suele no ser efectiva, en especial en pacientes crónicos. Se requiere ampliar los estudios con un número mayor de cepas de referencia y aislados clínicos.spa
dc.description.abstractIntroduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis and the ozena infections caused by K. pneumoniae ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the symptoms are unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot reach effective results and patients must be following up for several years since the infection became chronic. Objective: To identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on amplicons restriction of a gene which encodes 16S subunit ribosomal (rDNA16S). Methodology: Specific restriction patterns were generated; using reported sequences from rDNA16S gene and bioinformatics programs MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction assays were standardized. Results: Predictions in silico allowed to propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies identification. Two reference strains were included and two clinical isolates which were biotyped and identified by the proposed method. rDNA16S gene restriction patterns showed differences regarding the initially identified species for conventional methods. Additionally two patterns of bands were observed for K. pneumoniae rhinoscleromatis, indicating the polymorphisms presence in the rDNA16S gene. Conclusions: It was confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae subspecies by conventional methods. Implementation of this technique could allow an accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae ozaenae and K. pneumoniae rhinoscleromatis aetiological agents of two frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually could be ineffective, especially in chronic patients. Finally it is considered very important to enlarge the study by using more clinical and reference strains. © 2009 Universidad del Valle, Facultad de Salud.spa
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.25100/cm.v40i3.659
dc.identifier.issn1657-9534
dc.identifier.issn0120-8322
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/24620
dc.language.isoeng
dc.publisherUniversidad del Vallespa
dc.relation.citationEndPage201
dc.relation.citationIssueNo. 2
dc.relation.citationStartPage194
dc.relation.citationTitleColombia Medica
dc.relation.citationVolumeVol. 40
dc.relation.ispartofColombia Medica, ISSN:1657-9534, 0120-8322, Vol.40, No.2 (2009); pp. 194-201spa
dc.relation.urihttp://colombiamedica.univalle.edu.co/index.php/comedica/article/view/659/705spa
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accesoAbierto (Texto Completo)spa
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosariospa
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocURspa
dc.subjectKlebsiella pneumoniae rhinoscleromatisspa
dc.subjectKlebsiella pneumoniae ozaenaespa
dc.subjectKlebsiella pneumoniae pneumoniaespa
dc.subjectDiagnóstico.spa
dc.subject.keywordDna 16sspa
dc.subject.keywordAmpliconspa
dc.subject.keywordArticlespa
dc.subject.keywordBacterial strainspa
dc.subject.keywordBacterium isolatespa
dc.subject.keywordBioinformaticsspa
dc.subject.keywordComputer modelspa
dc.subject.keywordComputer programspa
dc.subject.keywordControlled studyspa
dc.subject.keywordGene sequencespa
dc.subject.keywordGenetic algorithmspa
dc.subject.keywordGenetic polymorphismspa
dc.subject.keywordKlebsiella pneumoniaespa
dc.subject.keywordKlebsiella pneumoniae ozaenaespa
dc.subject.keywordKlebsiella rhinoscleromatisspa
dc.subject.keywordNonhumanspa
dc.subject.keywordNucleotide sequencespa
dc.subject.keywordPhenotypespa
dc.subject.keywordRestriction fragmentspa
dc.subject.keywordRestriction mappingspa
dc.subject.keywordSequence analysisspa
dc.subject.keywordSpecies identificationspa
dc.subject.keywordStrain differencespa
dc.subject.keywordSubspeciesspa
dc.subject.keywordDiagnosisspa
dc.subject.keywordKspa
dc.subject.keywordPneumoniae ozaenaespa
dc.subject.keywordKspa
dc.subject.keywordPneumoniae pneumoniaespa
dc.subject.keywordKlebsiella pneumoniae rhinoscleromatisspa
dc.titleDesign of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit genespa
dc.title.TranslatedTitleDiseño de un método molecular para la identificación específica de Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie, usando el gen que codifica para la subunidad ribosomal 16Sspa
dc.typearticleeng
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.spaArtículospa
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