Ítem
Acceso Abierto
Análisis Metagenómico del Viroma Intestinal en Pacientes Intrahospitalarios y de Unidad de Cuidados Intensivos de Bogotá, Colombia
Título de la revista
Autores
Ramírez Hernández, Angie Lorena
Archivos
Fecha
2024
Directores
Ramírez González, Juan David
Muñoz Díaz, Claudia Marina
ISSN de la revista
Título del volumen
Editor
Universidad del Rosario
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Resumen
El microbioma intestinal se encuentra ampliamente estudiado; sin embargo, el componente viral ha sido poco caracterizado a pesar de ser crucial en la homeostasis intestinal. Este estudio analizó el viroma intestinal de muestras fecales humanas (n=37) de pacientes en Unidad de Cuidados Intensivos – “UCI” (n=10), pacientes “hospitalizados” en servicios diferentes a UCI (n=13), y en individuos de “comunidad” saludables (n=14), utilizando secuenciación por Oxford Nanopore Technologies (ONT) e Illumina. En promedio, se obtuvo 161,855 lecturas por muestra usando secuenciación por ONT, de las cuales cerca del 0,03% correspondió a lecturas virales. Para el caso de Illumina, se obtuvo alrededor de 20.286.589 lecturas por muestra, donde alrededor del 0,1% fueron asignadas a virus. Se identificaron bacteriófagos del orden Caudovirales, incluyendo Myoviridae, Podoviridae y Siphoviridae como las principales familias virales. Aunque la mayoría de las familias virales se mantuvieron estables, se observó una disminución significativa de Microviridae en pacientes hospitalizados y de UCI, sugiriendo un desequilibrio asociado al ambiente intrahospitalario. De los profagos detectados en Genomas Ensamblados a partir de Metagenomas (MAGs) bacterianos, llamó la atención la presencia de dos familias virales (Myoviridae y Siphoviridae) en la misma especie bacteriana, Alistipes putredinis. Los resultados sugieren que las interacciones bacteria-bacteriófago pueden no ser siempre específicas de especie, destacando la complejidad de las interacciones microbianas en el intestino humano. Estos hallazgos representan una línea base hacia la comprensión de la influencia de un ambiente intrahospitalario en la composición del viroma intestinal. Se necesitan investigaciones adicionales que permitan comprender a profundidad cómo estos cambios pueden afectar la salud del hospedero, especialmente en entornos clínicos.
Abstract
The intestinal microbiome has been extensively studied; however, the viral component has been poorly characterized despite its crucial role in intestinal homeostasis. This study analyzed the intestinal virome of human fecal samples (n=37) from patients in Intensive Care Units (ICU) (n=10), patients "hospitalized" in non-ICU settings (n=13), and healthy "community" individuals (n=14), using sequencing by Oxford Nanopore Technologies (ONT) and Illumina. On average, 161,855 reads per sample were obtained using ONT sequencing, of which approximately 0.03% corresponded to viral reads. For Illumina, around 20,286,589 reads per sample were obtained, of which approximately 0.1% were assigned to viruses. Bacteriophages of the order Caudovirales, including Myoviridae, Podoviridae, and Siphoviridae, were identified as the main viral families. Although most viral families remained stable, a significant decrease in Microviridae was observed in hospitalized and ICU patients, suggesting an imbalance associated with the intrahospital environment. Of the prophages detected in Assembled Genomes from Bacterial Metagenomes (MAGs), the presence of two viral families (Myoviridae and Siphoviridae) in the same bacterial species, Alistipes putredinis, was noteworthy. The results suggest that bacteria-phage interactions may not always be species- specific, highlighting the complexity of microbial interactions in the human intestine. These findings represent a baseline for understanding the influence of an intrahospital environment on the composition of the intestinal virome. Further research is needed to fully understand how these changes may affect host health, especially in clinical settings.
Palabras clave
Viroma intestinal , Microviridae , Metagenómica , Ambiente hospitalario , Profagos
Keywords
Intestinal virome , Microviridae , Metagenomics , Hospital environment , Prophages
