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Performance Comparison of a Duplex Implementation of the CDC EUA 2019-nCoV Assay with the Seegene Allplex-SARS-CoV-2 Assay for the Detection of SARS-CoV-2 in Nasopharyngeal Swab Samples

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dc.creatorJiménez, Karen Marcela
dc.creatorFonseca-Mendoza, Dora Janeth
dc.creatorMorel, Adrien
dc.creatorOrtega-Recalde, Oscar
dc.creatorContreras Bravo, Nora Constanza
dc.creatorVelandia-Piedrahita, Camilo Andres
dc.creatorSteevens, Adriana
dc.creatorCaldas, Luisa Daniela
dc.creatorRibón, Juan Pablo
dc.creatorSánchez, Martha
dc.creatorMartin Restrepo, Carlos
dc.creatorCabrera, Rodrigo
dc.date.accessioned2025-11-11T13:52:52Z
dc.date.available2025-11-11T13:52:52Z
dc.date.created2022-07-26
dc.date.issued2022-09-21
dc.descriptionLas pruebas RT-PCR se han convertido en el método de referencia para la detección del virus SARS-CoV-2 en el contexto de la pandemia de COVID-19. Debido al elevado número de casos en oleadas periódicas de infección, los laboratorios de diagnóstico se enfrentan a una gran presión financiera y logística. Por este motivo, resulta esencial la implementación y validación de protocolos académicos alternativos que empleen el equipo y los reactivos más económicos y disponibles en las distintas regiones. En este estudio, presentamos una implementación alternativa del ensayo EUA 2019-nCoV CDC, que utiliza una reacción de PCR dúplex previamente caracterizada para las regiones diana N1 y RNAasa P, y una reacción uniplex adicional para la región diana N2. Aprovechando el sistema de preparación de muestras Abbott m2000 y el kit NEB Luna Universal Probe One-Step RT-qPCR, algunas de las plataformas de extracción y amplificación de ácidos nucleicos más accesibles y económicas, esta prueba modificada muestra una sensibilidad y especificidad analíticas y clínicas de vanguardia en comparación con el ensayo Seegene Allplex-SARS-CoV-2. Esta implementación tiene el potencial de ser verificada e implementada por laboratorios de diagnóstico de todo el mundo para garantizar pruebas RT-PCR de bajo costo que puedan aprovechar equipos y reactivos ampliamente disponibles.
dc.description.abstractRT-PCR tests have become the gold standard for detecting the SARS-CoV-2 virus in the context of the COVID-19 pandemic. Because of the extreme number of cases in periodic waves of infection, there is a severe financial and logistical strain on diagnostic laboratories. For this reason, alternative implementations and validations of academic protocols that employ the lowest cost and the most widely available equipment and reagents found in different regions are essential. In this study, we report an alternative implementation of the EUA 2019-nCoV CDC assay which uses a previously characterized duplex PCR reaction for the N1 and RNAse P target regions and an additional uniplex reaction for the N2 target region. Taking advantage of the Abbott m2000 Sample Preparation System and NEB Luna Universal Probe One-Step RT-qPCR kit, some of the most widely available and inexpensive nucleic acid extraction and amplification platforms, this modified test shows state-of-the-art analytical and clinical sensitivities and specificities when compared with the Seegene Allplex-SARS-CoV-2 assay. This implementation has the potential to be verified and implemented by diagnostic laboratories around the world to guarantee low-cost RT-PCR tests that can take advantage of widely available equipment and reagents.
dc.format.extent10 pp
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.3390/mps5050073
dc.identifier.urihttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/46904
dc.language.isoeng
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International*
dc.rights.accesRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accesoAbierto (Texto completo)spa
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dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/*
dc.source.bibliographicCitationHarapan, H.; Itoh, N.; Yufika, A.; Winardi, W.; Keam, S.; Te, H.; Megawati, D.; Hayati, Z.; Wagner, A.L.; Mudatsir, M. Coronavirus disease 2019 (COVID-19): A literature review. J. Infect. Public Health 2020, 13, 667–673. [CrossRef] [PubMed]
dc.source.bibliographicCitationLu, X.; Wang, L.; Sakthivel, S.K.; Whitaker, B.; Murray, J.; Kamili, S.; Lynch, B.; Malapati, L.; Burke, S.A.; Harcourt, J.; et al. US CDC Real-Time Reverse Transcription PCR Panel for Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerg. Infect. Dis. 2020, 26, 1654–1665. [CrossRef] [PubMed]
dc.source.bibliographicCitationMögling, R.; Meijer, A.; Berginc, N.; Bruisten, S.; Charrel, R.; Coutard, B.; Eckerle, I.; Enouf, V.; Hungnes, O.; Korukluoglu, G.; et al. Delayed Laboratory Response to COVID-19 Caused by Molecular Diagnostic Contamination. Emerg. Infect. Dis. 2020, 26, 1944–1946. [CrossRef] [PubMed]
dc.source.bibliographicCitationHuggett, J.F.; Benes, V.; Bustin, S.A.; Garson, J.A.; Harris, K.; Kammel, M.; Kubista, M.; McHugh, T.D.; Moran-Gilad, J.; Nolan, T.; et al. Cautionary Note on Contamination of Reagents Used for Molecular Detection of SARS-CoV-2. Clin. Chem. 2020, 66, 1369–1372. [CrossRef] [PubMed]
dc.source.bibliographicCitationWhy the CDC Botched Its Coronavirus Testing|MIT Technology Review. Available online: https://www.technologyreview.com/ 2020/03/05/905484/why-the-cdc-botched-its-coronavirus-testing/ (accessed on 24 January 2022).
dc.source.instnameinstname:Universidad del Rosariospa
dc.source.reponamereponame:Repositorio Institucional EdocURspa
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectDiagnóstico molecular
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectPCR en tiempo real
dc.subject.keywordCOVID-19
dc.subject.keywordMolecular diagnostic
dc.subject.keywordSARS-CoV-2
dc.subject.keywordReal-time PCR
dc.titlePerformance Comparison of a Duplex Implementation of the CDC EUA 2019-nCoV Assay with the Seegene Allplex-SARS-CoV-2 Assay for the Detection of SARS-CoV-2 in Nasopharyngeal Swab Samples
dc.typejournalArticle
dc.type.hasVersioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.spaArtículo
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