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Acceso Abierto
Performance Comparison of a Duplex Implementation of the CDC EUA 2019-nCoV Assay with the Seegene Allplex-SARS-CoV-2 Assay for the Detection of SARS-CoV-2 in Nasopharyngeal Swab Samples
Título de la revista
Autores
Jiménez, Karen Marcela
Fonseca-Mendoza, Dora Janeth
Morel, Adrien
Ortega-Recalde, Oscar
Contreras Bravo, Nora Constanza
Velandia-Piedrahita, Camilo Andres
Steevens, Adriana
Caldas, Luisa Daniela
Ribón, Juan Pablo
Sánchez, Martha
Fecha
2022-07-26
Directores
ISSN de la revista
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Editor
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Resumen
Las pruebas RT-PCR se han convertido en el método de referencia para la detección del virus SARS-CoV-2 en el contexto de la pandemia de COVID-19. Debido al elevado número de casos en oleadas periódicas de infección, los laboratorios de diagnóstico se enfrentan a una gran presión financiera y logística. Por este motivo, resulta esencial la implementación y validación de protocolos académicos alternativos que empleen el equipo y los reactivos más económicos y disponibles en las distintas regiones. En este estudio, presentamos una implementación alternativa del ensayo EUA 2019-nCoV CDC, que utiliza una reacción de PCR dúplex previamente caracterizada para las regiones diana N1 y RNAasa P, y una reacción uniplex adicional para la región diana N2. Aprovechando el sistema de preparación de muestras Abbott m2000 y el kit NEB Luna Universal Probe One-Step RT-qPCR, algunas de las plataformas de extracción y amplificación de ácidos nucleicos más accesibles y económicas, esta prueba modificada muestra una sensibilidad y especificidad analíticas y clínicas de vanguardia en comparación con el ensayo Seegene Allplex-SARS-CoV-2. Esta implementación tiene el potencial de ser verificada e implementada por laboratorios de diagnóstico de todo el mundo para garantizar pruebas RT-PCR de bajo costo que puedan aprovechar equipos y reactivos ampliamente disponibles.
Abstract
RT-PCR tests have become the gold standard for detecting the SARS-CoV-2 virus in the context of the COVID-19 pandemic. Because of the extreme number of cases in periodic waves of infection, there is a severe financial and logistical strain on diagnostic laboratories. For this reason, alternative implementations and validations of academic protocols that employ the lowest cost and the most widely available equipment and reagents found in different regions are essential. In this study, we report an alternative implementation of the EUA 2019-nCoV CDC assay which uses a previously characterized duplex PCR reaction for the N1 and RNAse P target regions and an additional uniplex reaction for the N2 target region. Taking advantage of the Abbott m2000 Sample Preparation System and NEB Luna Universal Probe One-Step RT-qPCR kit, some of the most widely available and inexpensive nucleic acid extraction and amplification platforms, this modified test shows state-of-the-art analytical and clinical sensitivities and specificities when compared with the Seegene Allplex-SARS-CoV-2 assay. This implementation has the potential to be verified and implemented by diagnostic laboratories around the world to guarantee low-cost RT-PCR tests that can take advantage of widely available equipment and reagents.
Palabras clave
COVID-19 , Diagnóstico molecular , SARS-CoV-2 , PCR en tiempo real
Keywords
COVID-19 , Molecular diagnostic , SARS-CoV-2 , Real-time PCR
