Ítem
Acceso Abierto
Genomic characterization of SARS-CoV-2 and its association with clinical outcomes: a 1-year longitudinal study of the pandemic in Colombia
Título de la revista
Autores
Ruiz-Sternberg, Ángela María
Chaparro-Solano, Henry Mauricio
Albornóz, Ludwig L.
Pinzón-Rondón, Ángela María
Pardo-Oviedo, Juan Mauricio
Molano-González a, Nicolás
Otero-Rodríguez, Diego Andrés
Zapata-Gómez, Fabio Andrés
Gálvez, Jubby Marcela
Fecha
2021-08-23
Directores
ISSN de la revista
Título del volumen
Editor
Buscar en:
Métricas alternativas
Resumen
Objetivos: Este estudio tuvo como objetivo explorar las asociaciones entre la caracterización molecular del síndrome respiratorio agudo grave por coronavirus-2 (SARS-CoV-2) y la gravedad de la enfermedad en pacientes ambulatorios y hospitalizados en dos de los principales epicentros de Colombia durante el primer año de la pandemia de la enfermedad por coronavirus de 2019. Métodos: Se incluyeron en este estudio 1000 pacientes con infección por SARS-CoV-2. Se recopilaron datos clínicos de 997 pacientes y se obtuvieron 678 secuencias del genoma completo mediante secuenciación masiva paralela. Bivariado, multivariado Variables clínicas y genómicas. Resultados: La edad >88 años y la infección por los linajes B.1.1, B.1.1.388, B.1.523 o B.1.621 en pacientes de 71 a 88 años se asociaron con la muerte [odds ratio (OR) 6,048036, intervalo de confianza (IC) del 95% 1,346567–32,92521; p = 0,01718674]. La necesidad de hospitalización se asoció con una mayor edad y comorbilidades. La tasa de hospitalización aumentó significativamente en pacientes de 38 a 51 años infectados con los linajes A, B, B.1.1.388, B.1.1.434, B.1.153, B.1.36.10, B.1.411, B.1.471, B.1.558 o B.1.621 (OR: 8,368-427; IC del 95 %: 2,573-145–39,10672; p = 0,00012). Las asociaciones entre los clados y los resultados clínicos divergieron de los datos previamente reportados. Conclusiones: La infección con el linaje B.1.621 aumentó las tasas de hospitalización y mortalidad. Estos hallazgos, sumado al rápido aumento de la prevalencia en Colombia y otros países, sugieren que el linaje B.1.621 debería considerarse una variante de interés. Si se confirma la gravedad de la enfermedad asociada, se debería considerar su posible designación como “variante preocupante”.
Abstract
Objectives: This study aimed to explore associations between the molecular characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) and disease severity in ambulatory and hospitalized patients in two main Colombian epicentres during the first year of the coronavirus disease 2019 pandemic. Methods: In total, 1000 patients with SARS-CoV-2 infection were included in this study. Clinical data were collected from 997 patients, and 678 whole-genome sequences were obtained by massively parallel sequencing. Bivariate, multi-variate, and classification and regression tree analyses were run between clinical and genomic variables. Results: Age >88 years, and infection with lineages B.1.1, B.1.1.388, B.1.523 or B.1.621 for patients aged 71– 88 years were associated with death [odds ratio (OR) 6.048036, 95% confidence interval (CI) 1.346567– 32.92521; P=0.01718674]. The need for hospitalization was associated with higher age and comorbidities. The hospitalization rate increased significantly for patients aged 38–51 years infected with lineages A, B, B.1.1.388, B.1.1.434, B.1.153, B.1.36.10, B.1.411, B.1.471, B.1.558 or B.1.621 (OR 8.368427, 95% CI 2.573145– 39.10672, P=0.00012). Associations between clades and clinical outcomes diverged from previously reported data. Conclusions: Infection with lineage B.1.621 increased the hospitalization and mortality rates. These findings, plus the rapidly increasing prevalence in Colombia and other countries, suggest that lineage B.1.621 should be considered as a ‘variant of interest’. If associated disease severity is confirmed, possible designation as a ‘variant of concern’ should be considered.
Palabras clave
SARS-CoV-2 , Variantes del SARS-CoV-2 , COVID-19 , Mortalidad , Hospitalización , Secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento
Keywords
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 variants COVID-19 Mortality Hospitalization High-throughput nucleotide sequencing
